-Zymo Research lanza una línea bioinformática de código abierto para la detección de variantes del SARS-CoV-2 en aguas residuales
La publicación anticipada de la línea bioinformática de VirSieve™ promoverá la colaboración en la investigación ambiental de SARS-CoV-2
IRVINE, Calif., 11 de mayo de 2021 /PRNewswire/ — Zymo Research ha lanzado el código fuente VirSieve™ Bioinformatics Pipeline a la comunidad de microbiología ambiental para promover la colaboración global y el apoyo a la detección de variantes de SARS-CoV-2 en aguas residuales. VirSieve™ es una línea computacional automatizada que analiza las lecturas de secuenciación del virus SARS-CoV-2 en muestras de aguas residuales para comprender mejor las variantes virales presentes en las comunidades controladas. Al calificar el intervalo de confianza en las mutaciones virales observadas, el software tiene el potencial de aumentar significativamente la precisión de analizar cualquier cambio en el material genético viral.
Según los Centros para el Control y la Prevención de Enfermedades, si bien el despliegue de vacunas ha tenido un enorme impacto positivo en la reducción de la pandemia de SARS-CoV-2 dentro de Estados Unidos, todavía están surgiendo nuevas cepas virales. Algunas de estas cepas, por ejemplo, B.1.1.7, se clasifican como “variantes de preocupación” debido a la evidencia de una mayor propagación, patogenicidad o evasión de vacunas. La secuenciación de aguas residuales de próxima generación está emergiendo como la solución más viable para la vigilancia comunitaria casi en tiempo real.
La secuenciación viral de las aguas residuales es difícil debido a la fragmentación y degradación del ARN viral, lo que a menudo resulta en errores de secuenciación que en última instancia se manifiestan como mutaciones falsas. VirSieve™ puede identificar estas variantes falsas y marcarlas como bajas o sin confianza, lo que permite a los investigadores filtrar mutaciones con un mayor grado de apoyo. Zymo Research también proporciona DNA/RNA Shield™, un reactivo que protege el ARN viral de una mayor degradación después de la inactivación de cualquier virus para la recolección y el transporte seguros a temperatura ambiente de muestras de aguas residuales.
“Zymo Research ha desarrollado anteriormente herramientas de software público como el Programa de Transmisión de Investigación Zymo, un cliente de código abierto para enviar los resultados de las pruebas de COVID-19 a través del sistema de informes de salud pública CalREDIE”, dijo el Dr. Michael Weinstein, Director de Sistemas de Información de Laboratorio y Jefe de Proyecto en el proyecto VirSieve™ Pipeline en Zymo Research. “VirSieve™ es parte del esfuerzo continuo de Zymo Research para proporcionar el máximo apoyo a los esfuerzos de respuesta pandémica en todo el mundo. Creemos que VirSieve™ tiene el potencial de ser utilizado no sólo para el seguimiento de cepas variantes del virus SARS-CoV-2 en aguas residuales, sino también para otros virus, para futuros esfuerzos de salud pública.”
“Obtener variantes precisas de muestras clínicas o aguas residuales es clave para la colocación adecuada de una cepa viral en el contexto de todas las demás variantes virales e informar de los esfuerzos de seguimiento de patógenos”, dijo el Dr. Christopher Mason, que es ponente para Zymo Research y es codirector del WorldQuant Institute for Quantitative Prediction y profesor de fisiología y biofísica en Weill Cornell Medicine.
Para más información sobre la línea VirSieve™ visite el sitio web de Zymo Research o contacte mediante email en tech@zymoresearch.com.
Acerca de Zymo Research Corp.
ZymoResearch es una compañía privada que presta servicios a la comunidad científica y de diagnóstico con herramientas de biología molecular de última generación desde 1994. Su eslogan, “La belleza de la ciencia es simplificar las cosas”, se refleja en todos sus productos, desde la epigenética hasta las tecnologías de purificación de ADN/ARN. Históricamente reconocido como líder en epigenética, Zymo Research está rompiendo los límites con soluciones novedosas para la recolección de muestras, mediciones microbiómicas, dispositivos de diagnóstico, y tecnologías NGS de alta calidad y fáciles de usar. Siga a Zymo Research en Facebook, LinkedIn, Twitter, e Instagram.
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